L’importance en santé publique des infections à Staphylocoques Résistants à la Méticilline (SARM) ne cessant de croître, il est crucial de mieux comprendre les processus de l’évolution de ce germe au cours du temps ou ponctuellement lors de situations de crise. La diversité des souches pouvant comporter des mécanismes de résistance identiques ou voisins, avec des antibiogrammes similaires, ne permet pas toujours de comprendre les mécanismes de cette évolution.La seule façon complètement fiable de caractériser un isolat est de connaître son génome. Les méthodes de biologie moléculaire utilisées jusqu’alors ciblaient certaines séquences mais étaient restreintes à des régions limitées du génome et manquaient donc de spécificité pour discriminer des souches différentes quoiqu’ étroitement apparentées. Avec l’apparition des nouvelles technologies de séquençage d’ADN (dite à haut débit), une cartographie précise de régions beaucoup plus importantes du génome (voire de sa totalité) est possible.Ils ont étudié les possibilités de cette technique sur 2 séries distinctes d’isolats de SARM appartenant à une lignée asiatique ST 239° répandue en Asie, Amérique du Sud et plus récemment Europe de l’Est. Une série réunissait comprenait 43 isolats prélevés en différentes régions du monde entre 1982 et 2003, sans rapport connu entre eux. La deuxième série réunissait 20 isolats prélevés sur des patients hospitalisés durant une période de 7 mois dans le même hôpital de Thaïlande avec une chaîne de transmission supposée.L’étude de ce deuxième groupe a montré que 13 de ces isolats étaient quasiment identiques et que les infections dont ils étaient responsables étaient survenues en l’espace de quelques semaines dans des unités de soins intensifs adjacentes. Les 7 autres souches étaient beaucoup plus hétérogènes au niveau de leur génome et de la répartition dans l’espace et le temps des infections qu’elles avaient causé. Cela confirmait la théorie de la double causalité de l’épidémie de SARM constatée dans cet établissement. L’analyse des différences minimes (14 SNP) dans les 13 isolats presque identiques permettait également de déterminer la vitesse de mutation de la souche initiale et son évolution in vivo (1 mutation SNP toutes les 6 semaines dans ce cas).L’étude du premier groupe « cosmopolite » a permis de mieux comprendre l’évolution et la dissémination du SARM sur plusieurs décennies. En comparant le génome des souches en fonction de leur ancienneté les chercheurs ont pu construire un arbre phylogénétique et calculer un taux de mutation. Les premiers isolats de SARM étant européens, ils en ont conclu à l’apparition du SARM dans les années 60 en Europe, conformément aux théories l’associant à l’usage répandu des ATB. Les SARM se sont ensuite répandus grâce à des transmissions intercontinentales peu nombreuses au début, amplifiée localement par l’émergence de variants sous cloniques devenant dominants dans la région d’importation (souvent du fait de leur meilleure résistance aux pratiques thérapeutiques locales). C’est ainsi qu’ils ont pu remonter jusqu’à l’identification d’un patient asiatique porteur d’une souche de SARM ayant causé une épidémie dans un hôpital londonien.Cette approche permet donc de mieux surveiller et comprendre les voies de transmission du SARM aussi bien de personne à personne dans un environnement hospitalier qu’à l’échelon planétaire sur une période de 3 décennies.Lancet on line 23/01/10
