L’infection à H. pylori est l’infection chronique bactérienne la plus fréquente, concernant 50 % de la population mondiale soit environ 20 % de la population française Si la majorité des personnes infectées présente une gastrite chronique la plupart du temps asymptomatique, 5 à 10 % d’entre eux vont développer un ulcère gastrique ou duodénal (90 000 cas par an) et 1 à 3 % un cancer gastrique (adénocarcinome ou lymphome du MALT, 6 500 cas par an).
Ainsi, H. pylori est considéré comme carcinogène de classe 1 par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) avec 800 000 morts par cancer gastrique dans le monde chaque année et un taux de survie à 5 ans extrêmement bas (20 %) justifiant sa recherche. De plus, cette infection peut être responsable de maladies hématologiques telles que l’anémie ferriprive réfractaire, le déficit en vitamine B12 et le purpura thrombopénique immunologique et d’autres maladies plus discutées. En dehors de ces formes d’infections sévères qui ne touchent que 15 % des personnes infectées, les 85 % restant sont la plupart du temps asymptomatiques.
La résistance aux antibiotiques utilisés dans le traitement d’éradication est la première cause d’échec des traitements. La mauvaise observance en est la deuxième, favorisée par les effets secondaires importants des associations d’antibiotiques et favorisant à son tour l’émergence de résistance qui n’a cessé de progresser depuis la découverte de cette bactérie en 1982. La résistance primaire (patients naïfs de traitement anti-H. pylori) atteint aujourd’hui en France 21 % pour la clarithromycine, 46 % pour le métronidazole, 18 % pour la lévofloxacine. Du fait de ces résistances émergentes les traitements ainsi que les méthodes diagnostiques de l’infection à Helicobacter pylori (H. pylori) ont évolué ces dernières années. Alors que l’on considère que 95 % des infections à H. pylori doivent répondre à une antibiothérapie guidée, autrement dit adaptée à la sensibilité de la bactérie aux antibiotiques déterminée par PCR (Polymerase Chain Reaction) et/ou par culture à partir de biopsies gastriques, on relève que la quasi-totalité des patients reçoivent encore un traitement empirique et ce malgré les recommandations des sociétés savantes internationales, nationales et de la Haute Autorité de Santé (HAS). En effet, il a été montré que les traitements guidés étaient mieux tolérés donc mieux observés et ainsi plus efficaces (meilleure tolérance, meilleure observance, meilleure efficacité). La PCR est une technique capable de détecter H. pylori et les mutations responsables de la résistance à la clarithromycine et ainsi permet de mettre en place un traitement guidé. Elle apparait comme une alternative à la culture, cette dernière étant plus difficile à réaliser. La PCR en temps réel permet de détecter H. pylori plus rapidement (2 à 4 heures) que la culture à partir de biopsies gastriques, avec une sensibilité supérieure à celle de la culture et a l’avantage de détecter les mutations. associées à la résistance à la clarithromycine. C’est l’outil diagnostique de choix pour détecter l’infection à H. pylori et la résistance à la clarithromycine permettant ainsi un traitement guidé. La PCR H. pylori est inscrite à la NABM (Nomenclature des Actes de Biologie Médicale) et donc remboursée depuis le 15 décembre 2022. Elle devrait permettre de traiter chaque année près de 80 % des 200 000 patients détectés comme infectés par H. pylori par une trithérapie guidée IPP-amoxicilline-clarithromycine au lieu d’une quadrithérapie empirique bien moins bien supportée. Les 21% de patients chez lesquels une résistance à la clatithromycine est retrouvée à la PCR peuvent être traités par une quadrithérapie bismuthée. Avec le remboursement récent de la PCR, nous n’avons plus de frein pour mettre en place cette thérapie guidée qui engendre moins de résistance.
Les indications comme les précautions de prélèvements restent les mêmes à savoir le respect absolu de l’arrêt des IPP (inhibiteurs de la pompe à protons) et antibiotiques, respectivement 2 et 4 semaines avant les prélèvements
Ref : Hépato-Gastro et Oncologie Digestive- Volume 33 • Numéro 2 • Février 2026