Haemophilus influenzae est responsable d’un large spectre de maladies en pédiatrie. Si des infections graves telles que des pneumopathies ou des méningites sont décrites, la plupart d'entre elles restent des infections ORL au premier rang desquelles les otites moyennes aigues.
Les Haemophilus comprennent 6 types capsulaires d’a à f, le b étant la souche la plus virulente, et des formes non encapsulées, donc non typables (NTHi). La vaccination a réduit considérablement les formes invasives et non invasives causées par le type b. Par contre, comme elle ne cible pas les NTHi, elles sont responsables de la majorité des infections des enfants vaccinés (les NTHi et d’autre part, les pneumocoques n’exprimant pas les sérotypes du vaccin sont à l’origine de la plupart des otites). Connaître la prévalence des infections à Haemophilus, leur type et sensibilité aux antibiotiques est important pour guider le traitement.

Dans ce but, une étude a été conduite à Rochester (USA) afin de déterminer la colonisation bactérienne au niveau du nasopharynx des enfants en bonne santé et au début des otites ainsi que dans le pus de l’oreille moyenne. Les prélèvements ont été recueillis en 2019-2020 chez des enfants de 6 à 30 mois lors de visites systématiques entre 6 et 36 mois. Le diagnostic d’otite était confirmé par tympanocentèse et recueil du pus. Les prélèvements naso-pharyngés ont été faits par l’instillation puis l’aspiration de 2 ml de sérum physiologique. L’isolement des H. influenzae (S pneumoniae et Moraxella catarrhalis étaient aussi recherchés) s’est fait par les méthodes bactériologiques standard complétées par la recherche de l’ADN de l’Haemophilus (HI) sur tous les échantillons.

Au total, 334 enfants ont été étudiés au cours de 611 visites systématiques et 130 dues à une otite à l’âge médian de 16 mois. Aucune différence liée à l’ethnie ou au sexe n’a été constatée dans le taux d’isolement de HI. La prévalence de l’HI était de 5,9 % (36/611) dans le nasopharynx des enfants sains et de 27 % (35/130) en cas d’otite ; dans le pus, l’HI a été isolé dans 43 % (30/70) des cas. Le taux des HI résistants avec β-lactamase + dans le nasopharynx était de 42 % (15/36) parmi les souches collectées au cours des visites systématiques, de 34 % (12/35) en cas d’otite (P=0,63) mais aussi de 43 % (13/30) dans le pus des otites. Sans surprise, seulement 8 % des souches d’HI étaient encapsulées (88 % de type f). Une résistance à ampicilline, triméthoprime-sulfaméthoxazole, érythromycine, clarythromycine a été trouvée dans plus de 25 % des isolats. La prise d’antibiotiques dans les 30 jours précédents a été identifiée comme un facteur de risque d’isolement de souche β-lactamase + (Odds Ratio 2,1). 
Aucune souche encapsulée (n = 8) n’était β-lactamase + ni résistante à l’ampicilline. A noter que les cultures du pus des otites étaient négatives dans 33 cas mais l’ADN de l’HI a été mis en évidence par PCR dans 21 % de ces cas ce qui prouve que l'analyse moléculaire permet d'augmenter la sensibilité diagnostique.

En conclusion, la prévalence des Haemophilus dans le nasopharynx des enfants sains est basse mais augmente logiquement dans le pus des otites. Les Haemophilus non typables se retrouvent dans plus de 90 % des isolats. La production de β-lactamase et l’absence de sensibilité aux antibiotiques ne sont pas rares parmi les souches isolées du nasopharynx et du pus des otites. L'adaptation des antibiothérapies, en particulier probabilistes doit tenir compte de cette évolution.

Ref : Fugi N et coll. : Haemophilus influenzae prevalence, proportion of capsulated strains and antibiotic susceptibility during colonization and acute otitis media in children, 2019-2020. Pediatr Infect Dis J 2021; 40: 792-796.