A ce jour, on estime que des anomalies génétiques et immunologiques seraient à l’origine de 15 % des formes graves de la Covid-19. D'autres causes peuvent également être évoquées. Selon des chercheurs de l’université de Hong Kong, la composition du microbiote intestinal serait également impliquée.
La dysbiose, ou déséquilibre du microbiote, peut être dû à des antibiotiques, une infection, un mauvais régime alimentaire mais aussi un déficit immunitaire. L’étude de la composition du microbiote intestinal – via des échantillons de selles et de sang sur 100 patients positifs au SARS-CoV-2 – a montré que les patients positifs à la Covid-19 présentaient des profils microbiotiques déséquilibrés. 
On retrouve par exemple une plus grande quantité de Ruminococcus gnavus (connue pour son rôle dans la survenue de certaines maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), dans les spondyloarthrites ou le lupus.
A l'inverse,  le microbiotes de ces patients montre une moindre quantité moyenne de Bifidobacterium adolescentis, Faecalibacterium prausnitzii et Eubacterium rectale, trois bactéries au « potentiel immunomodulateur ». 
30 jours après la résolution de la maladie, ces espèces étaient encore sous-représentées. Un indicateur qui « pourrait contribuer à des symptômes persistants, soulignant la nécessité de comprendre comment les micro-organismes intestinaux sont impliqués dans l’inflammation et la Covid-19.
Les chercheurs ont également observés des niveaux plus élevés de cytokines chez les malades du Covid-19. Agents essentiels du système immunitaire, leur présence en excès peut créer des lésions profondes. Plusieurs études ont justement montré que le Coronavirus était de nature à provoquer une élévation anormale des cytokines en particulier dans les formes graves. Les associations entre la composition du microbiote intestinal, les niveaux de cytokines et les marqueurs inflammatoires chez les patients atteints de la Covid-19 suggèrent que le microbiote intestinal est impliqué dans l’ampleur de la gravité de la Covid-19, peut-être par la modulation des réponses immunitaires de l’hôte.
Ils alertent également sur la prescription d’antibiotiques chez les patients atteints. S’ils sont peu susceptibles d’être associés à une amélioration pour les patients (en l’absence de co-infections bactériennes), ils pourraient par contre exacerber et prolonger la dysbiose des microbiotes intestinaux chez les patients atteints de la Covid-19 et favoriser les formes graves ou chroniques

Ref : YEOH YK et al., Gut microbiota composition reflects disease severity and dysfunctional immune responses in patients with COVID-19, Gut, en ligne le 11 Janvier 2021, doi: 10.1136/gutjnl-2020-323020