En général, les comptes rendus de biologie se contentent de rendre un résultat négatif ou positif et ne fournissent pas la valeur de la Ct, par choix ou parce que la technique de PCR employée ne le permet pas. La règle générale est donc de ne pas faire de différence entre tests nettement positifs et tests faiblement positifs. Si pour les patients fortement positifs les mesures habituelles s'appliquent, le Haut Conseil de la santé publique (HCSP) a rendu un avis sur la question très technique de l'interprétation des résultats de tests PCR faiblement positifs. Un résultat de test PCR est qualifié de « faiblement positif » quand un grand nombre de cycles de PCR (on parle de Ct) a été nécessaire pour parvenir à détecter de l'ARN viral. Le Ct est inversement représentatif de la charge virale : un Ct élevé fait craindre un faux positif clinique, c’est-à-dire qu'il corresponde à la détection de résidus d'ARN d'une infection ancienne.

S'il ne recommande pas de faire figurer systématiquement le Ct, il demande en revanche que la valeur semi-quantitative du résultat de RT-PCR, si elle est disponible, soit interprétée dans certains cas de figure selon l’algorithme du référentiel de la Société française de microbiologie. Par exemple, ils recommandent de le faire lorsqu'il faut évaluer le risque de contagiosité chez un cas contact asymptomatique avec un épisode récent de Covid-19, ou lors d'un dépistage opéré dans le cadre de l'exploration d'un cluster, toujours chez un patient asymptomatique.
Cette recommandation a pour but de s'assurer d'une mise en place correcte des mesures de contrôle de la transmission du SARS-CoV-2 basée sur le risque de contagiosité de la personne testée. Si la valeur de Ct est inférieure ou égale à 33 (c'est-à-dire que la charge virale est élevée), un isolement de 7 jours est à respecter à partir de la date du prélèvement. Si la valeur de Ct est supérieure à 33 (c'est-à-dire que la charge virale est faible), une seconde RT-PCR est recommandée 48 heures après pour déterminer la phase de la cinétique virale. En cas de second résultat avec un Ct supérieur à 33, l’isolement est levé. A noter que cette valeur seuil de Ct peut varier selon les trousses et qu'elle est ajustée d'après les données collectées par le CNR (elle peut être par exemple de 36 pour une trousse moins sensible).

Le HCSP recommande aussi de prendre en compte le Ct dans le cadre de suivi d’infection à SARS-CoV-2, lors du transfert en soins de suite et de réadaptation ou en EHPAD de personnes ayant présenté une infection Covid-19. La valeur de Ct inférieure ou égale à 33 (c'est-à-dire une charge virale élevée) contre-indique un tel transfert.
En hospitalisation classique, la prise en compte de la Ct permet « d'apprécier la part du niveau d’excrétion virale dans l’évolution de la maladie », ajoute les auteurs. En milieu professionnel, la valeur de Ct pourrait être un des indicateurs pour le retour au travail du personnel ou le maintien au travail. La décision de reprise ou de poursuite de l'activité professionnelle reste du domaine de la médecine du travail, et une excrétion virale modérée voire faible (Ct supérieure à 33) ne doit pas être un motif de non-respect des mesures barrières.
 

Ref : https://www.hcsp.fr/Explore.cgi/AvisRapportsDomaine?clefr=963