Face à la communication quotidienne des chiffres paradoxaux de la Covid 19, nous nous posons tous certaines questions en ce moment : Pourquoi autant de personnes infectées génèrent-elles si peu d’hospitalisations ? Le jeune âge de ces personnes infectées en est-il la seule explication ? Ou bien la moindre virulence du virus ? Ou bien les deux?
Le SARS Cov 2 est un virus à ARN et la survenue de mutations est un phénomène banal avec ce type de virus. L'une des principales mutations observée est une délétion de 382 nucléotides (∆382) dans la région ORF8 du génome. Cette variante fréquente du SARS-CoV-2 a été détectée à Singapour et dans d'autres pays.

Afin de répondre à ces interrogations légitimes, une équipe de Singapour a étudié l'effet de cette mutation sur les caractéristiques cliniques de l'infection en identifiant rétrospectivement les patients qui avaient été dépistés pour la variante ∆382 et recrutés pour l'étude PROTECT, une étude de cohorte observationnelle prospective menée dans sept hôpitaux publics de Singapour.
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Les personnes infectées par la variante ∆382 ont été comparées à celles infectées par le SARS-CoV-2 de type sauvage. Une régression logistique exacte a été utilisée pour examiner l'association entre les groupes d'infection et le développement d'une hypoxémie nécessitant une oxygénothérapie (un des principaux indicateurs de forme grave de Covid-19).
Entre le 22 janvier et le 21 mars 2020, 278 patients atteints d'une infection par le SARS-CoV-2 confirmée par PCR ont bénéficié d’une recherche de la variante ∆382. Cent trente et un patients ont été inclus dans l'étude, dont 92 (70 %) étaient infectés par le virus de type sauvage SARS-CoV-2, dix (8 %) étaient infectés par un mélange de virus de type sauvage et de la variante ∆382, et 29 (22 %) étaient infectés par la seule variante ∆382. 
L’apparition d'une hypoxémie nécessitant une oxygénothérapie a été moins souvent observée dans le groupe des patients infectés par la variante ∆382 (0 [0 %] des 29 patients) que dans le groupe des patients infectés par le type sauvage uniquement (26 [28 %] des 92). Après ajustement en fonction de l'âge et de la présence de comorbidités, l'infection par la variante ∆382 a été associée à une probabilité plus faible de développer une hypoxémie nécessitant une oxygénothérapie par rapport à l'infection par le virus de type sauvage uniquement.
Même s'il y a plusieurs limites à cette étude rétrospective (en particulier la petite taille de l'échantillon), la survenu de délétions dans cette région semble se traduire par une infection moins grave avec une libération systémique moindre de cytokines pro-inflammatoires. Une étude plus approfondie de ces variantes pourrait améliorer notre compréhension de la virologie et de la pathogenèse du SRAS-CoV-2 et pourrait avoir des implications pour le développement de traitements et de vaccins.

Ref : Young BE et coll. : Effects of a major deletion in the SARS-CoV-2 genome on the severity of infection and the inflammatory response: an observational cohort study. Lancet, 2020; publication en ligne le 18 août. doi.org/10.1016/S0140-6736(20)31757-81