La spectrométrie de masse (MALDI-TOF-MS : Matrix Assisted Laze Desortion Ionisation Time-Of-Flight Mass Spectrometry) est une technologie récente qui est utilisée en laboratoire de microbiologie depuis le début des années 2000. Son principe repose sur une primo-culture de qualité permettant d’individualiser correctement les différentes colonies avat de les soumettre à identification. Après un traitement préalable (co-cristallisation, évaporation et ionisation des molécules dans un élément source), l’échantillon est soumis à une accélération et une séparation dans un analyseur de masse en fonction de leur rapport masse/charge. Le spectre de masse ainsi obtenu permet l’identification de la bactérie sur la base de son profil protéique après confrontation à une base de données établie à partir de souches de référence. Les résultats sont obtenus sous la forme de tableaux récapitulatifs avec les 2 meilleurs appariements et des scores d’identification.

Pour décider de l’opportunité d’installer cette technique au sein d’un laboratoire de microbiologie, il est intéressant de pointer les avantages et les inconvénients de cette technologie par rapport aux techniques d’identification et d’antibiogramme actuellement en usage dans les laboratoires.

Avantages :

ð Facilité d’utilisation (pas de nécessité de connaître l’aspect cultural)

ð Rapidité d’obtention des résultats (quelques minutes au lieu de plusieurs heures)

ð Excellente fiabilité pour la plupart des identifications (90% actuellement)

ð Identification de germe à croissance difficile ou fastidieux (Bordetella, Campylobacter)

ð Suppression dans la plupart des cas des tests complémentaires

ð Bases de données en évolution continue avec désormais un large panel d’espèce et mycobactéries ou germes anaérobies en développement.

ð Extension à venir à d’autres échantillons (flacons d’hémoculture sans repiquage) et d’autres

ð Coût intéressant par échantillon (3 € vs 5 à 14 €) avec les techniques traditionnelles

Inconvénients :

ð Méthodologie nouvelle nécessitant une formation complète du personnel et une vérification de méthode « lourde » dans le cadre de l’accréditation

ð Difficultés d’identification de certaines espèces : Shigelles vs E. coli, pneumocoques vs S. mitis/oralis, B. pertussis vs B. bronchiseptica, K. oxytoca vs ornithinolytica

ð Risque de contamination en cas d’isolement imparfait. La confrontation de l’identification avec le résultat de l’antibiogramme est indispensable.

ð Pas d’information sur l’antibiogramme (pour l’instant mais la mise en évidence de mécanismes de résistance est d’ores et déjà possible)

ð Investissement de départ conséquent avec un nombre de fournisseur réduit pour l’instant.

Il est donc important pour le responsable du laboratoire de microbiologie de bien connaître son activité, ses besoins et d’intégrer cette acquisition dans un projet global du laboratoire ou de la paillasse de microbiologie.

Option Bio Février 2012