Avec la généralisation des tests PCR pour le diagnostic parasitologique des selles, certains parasites habituellement ignorés ou rarement signalés au décours de l'examen réalisé avec les méthode traditionnelles (examen direct et après concentration), sont fréquemment retrouvés positifs sur les comptes rendus de laboratoire. La conduite à tenir est souvent discutée d'autant plus que le contexte clinique n'est pas toujours connu. L'exemple type est probablement Blastocystis hominis ou spp (car le le nom d'espèce hominis devrait être abandonné compte tenu de l'effacement de la barrière d'espèce). Le dernier numéro de la revue de biologie médicale fait état d'un cas chez lequel la symptomatologie était présente, sans pouvoir être forcément rattachée au parasite du fait de troubles digestifs préexistants (syndrome de l'intestin irritable ou SII).
Il faut rappeler que Blastocystis spp est un protozoaire anaérobie ubiquiste colonisant le tube digestif de l'homme et de nombreux animaux. Sa prévalence varie en fonction du degré de développement et surtout des conditions d'hygiène avec une infestation allant de 5% à 100% des individus selon les régions du monde (environ 20% en France).
La transmission est féco-orale et la contamination est d'autant plus fréquente que le péril fécal est important.
La difficulté d'interprétation vient du fait que la majorité des patients porteurs sont asymptomatiques. Chez ces patients, aucun traitement ne s'impose. Chez ceux présentant des troubles digestifs, on parle souvent de "blastocystose" bien que le tableau clinique soit très varié avec au premier plan des symptômes digestifs et cutanés : Douleurs abdominales, diarrhées, vomissements, ballonnements, éruption, prurit, angio-oedème ont été décrits, de façon isolée ou dans le cadre d'associations diverses. Si les troubles digestifs peuvent s'expliquer par un effet entéro-invasif ou inflammatoire, aucun mécanisme physiopathologique clair n'explique les manifestations cutanées. Dans certains cas l'éradication du parasite permet une amélioration, dans d'autres pas. L'importance de la charge parasitaire (à l'examen direct car le biologie moléculaire rend des résultats qualitatifs) n'a pas pu être corrélée avec l'importance ou la nature des symptomes. De même, l'identification du sous-type (38 STs connus caractérisés par l'étude de l'ARNr 18S) n'a pas permis de dégager une pathogénicité spécifique pour certains. Après traitement, les symptômes peuvent disparaitre ou persister malgré disparition de l'infestation. L'impact que le traitement habituel (nitroimidazolés) peut avoir sur la flore intestinale introduit un biais supplémentaire pour apprécier l'effet intrinsèque du parasite (ou de sa disparition). 
A noter que comme pour le cas clinique rapporté, il semble y avoir une fréquence importante de blastocystose chez les sujets atteints de SII, sans que l'on sache s'il y a une relation de causalité et si oui dans quel sens.
Des études portant sur le microbiote des sujets porteurs ont donné des résultats contradictoires, certaines retrouvant un microbiote diversifié signe de bonne santé intestinale, d'alimentation saine et de bon pronostic cardio-métabolique. D'autres au contraire retrouve un déséquilibre de la flore avec prédominance de groupes bactériens potentiellement délétères.
Devant tant de question, le biologiste responsable de l'interprétation des résultats qu'il rend doit nécessairement rester prudent. Si la présence de Blastocystis doit être mentionnée, il est conseillé de rajouter un commentaire indiquant que la blastocystose reste un diagnostic d'exclusion et que les hypothèses diagnostiques plus étayées doivent être évoquées avant de suggérer la responsabilité du parasite dans une éventelle symptomatologie. Le recours au traitement est loin d'^tre systématique, d'autant plus qu'il peut impacter et déséquilibrer la flore microbienne habituelle du sujet. L'efficacité transitoire des cures de nitroimidazolés peut d'ailleurs s'expliquer comme cela mais les effets à long termes peuvent être délétères et l'abstention thérapeutique dans un prmeier temps est probablement souhaitable.

Ref : Revue de biologie médicale : Juillet Août 2025

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