Les parasites du genre Cryptosporidium comptent plus de 47 espèces décrites à l'heure actuelle, avec plus de 120 génotypes différents. Les deux principales espèces impliquées en pathologie humaine sont Cryptosporidium parvum (C. parvum) et C. hominis qui provoquent des diarrhées humaines pouvant être sévères, voire mortelles, le plus souvent chez les jeunes enfants d'Afrique subsaharienne.
Dans le monde, les protozoaires seraient responsables de 1,7 milliard de pathologies digestives et 842 000 décès par an. Parmi ces protozoaires, la cryptosporidiose a une prévalence estimée à environ 7,6 % (10 % dans les pays en voie de développement et 4 % dans les pays développés). C’est la deuxième cause de diarrhée modérée à sévère chez les très jeunes enfants (moins de 2 ans). L’Afrique subsaharienne est particulièrement touchée : on y relève au moins 48 000 décès par an chez ces jeunes enfants Les infections à Cryptosporidium peuvent être létales, même en France, chez les personnes immunodéprimées.
Les cryptosporidioses sont des parasitoses qui ne sont pas inféodées à l’humain : en effet, elles infectent pratiquement tous les mammifères.
Cette maladie n’est pas à déclaration obligatoire, en France. En Europe, l’espèce dominante est C. parvum, où elle représente 80 % des infections. Il n’y a pas de différences de contamination entre les hommes et les femmes mais les tranches d’âge les plus concernées en France sont les jeunes enfants, de moins de 5 ans, et les jeunes adultes entre 20 et 35 ans. Le responsable du centre coordonnateur du centre national de référence des cryptosporidioses affirme que les cas augmentent de manière exponentielle sur les dernières années.
Le gold standard microscopique requiert une coloration particulière et, si elle n’est pas prescrite, l’analyse des cryptosporidies par microscopie n’est pas systématiquement réalisée, entrainant un sous-diagnostic important.
L’essor des PCR permet donc une meilleure connaissance épidémiologique, même si la cryptosporidiose est encore probablement largement sous-diagnostiquée en France. Pour y remédier outre les laboratoires hospitaliers partenaires, de plus en plus de laboratoires privés participent au réseau du CNR CMAP. Cela augmente considérablement le nombre de cas déclarés, en particulier grâce à leurs investigations syndromiques des cas et au nombre d’analyses que ces laboratoires réalisent.
Les oocystes de Cryptosporidium restent viables et infectieux dans l'eau et dans les fèces jusqu'à six mois à des températures comprises entre 0 et 30 °C et jusqu'à un an dans de l'eau de mer. Cette parasitose présente un caractère saisonnier : ainsi, des pics sont observés durant la période estivale. Ils sont liés aux différents facteurs de risque et, en particulier, à l’exposition à l’eau contaminée par consommation ou exposition lors de baignades. Plusieurs épidémies massives ont été décrites dans la littérature scientifique nationale et internationale liée à la consommation d’eau de boisson considérée comme potable et pourtant contaminée à Cryptosporidium.
Historiquement, la cryptosporidiose est une parasitose récemment découverte. Elle a été décrite dans les années 1980, en particulier chez les patients atteints du VIH au stade sida. Il ne faut toutefois pas considérer qu’il s’agit une maladie exclusive de l’immunodéprimé : elle peut toucher aussi bien les personnes immunocompétentes que les immunodéprimés. Actuellement, chez les immunodéprimés, ce n’est plus tellement des cas de VIH au stade sida qui sont concernés, mais plutôt des personnes transplantées d’organes solides. En effet, de plus en plus de greffes sont réalisées, impliquant l’ingestion de traitement fortement immunosuppresseur à l’amorce de la greffe : à ce moment-là, les patients sont donc plus fragiles et sensibles à la cryptosporidiose. En France, il n’existe aucun cas mortel chez les immunocompétents rapporté jusqu’à maintenant, en revanche, le taux de mortalité s’élève à 8 % chez les patients immunodéprimés, en lien étroit avec la pathologie sous-jacente. Cela est souvent dû au fait qu’il y a un emballement à la fois de la pathologie parasitaire et de l’immunodéficience sous-jacente avec une altération de l'état général allant jusqu'à la mort.
Un génotype en particulier a émergé, appelé sous-type IfA12G1R5, alors qu’il n’existait pas en France avant 2022. Il devient dominant parmi les espèces de C. hominis. Or il s’avère assez virulent, provoquant environ 30 % d’hospitalisation et de déshydratation. C’est un génotype en pleine expansion au niveau mondial.
Deux épidémies de grande envergure (> 100 cas) ont été notées ces dernières années en France. La première a eu lieu dans un collège nantais, en 2017. Des collégiens et des professeurs se sont infectés en mangeant du fromage biologique au lait cru. 180 personnes ont été infectées au total, en lien probable, donc, avec une consommation alimentaire et donc une origine zoonotique, le même génotype ayant été trouvé aussi bien chez les patients que chez les veaux de la ferme productrice du fromage.
La deuxième représente probablement la plus grosse épidémie jamais observée en France. Elle fut causée par le réseau d’alimentation d’eau publique de la ville de Grasse ! Le nombre de cas estimé s’est élevé à plus de 10 000 patients, avec une durée médiane des symptômes de 11 jours. En effet, aucun critère parasitologique n’est recherché lorsqu’une eau est dite potable : seuls les critères bactériens sont mesurés parmi les critères biologiques, raison pour laquelle la contamination initiale de l’eau n’avait pas été identifiée. Des travaux en lien avec l’université de Rouen démontrent qu’une modélisation hydrogéologique des zones à risque est possible et pourrait permettre de faciliter la surveillance environnementale.
Trois épidémies environ sont diagnostiquées chaque année en France et il devient indispensable de développer les outils méthodologiques pour en détecter davantage, en particulier celles liées aux eaux de baignade. Enfin, l’influence du climat et du réchauffement climatique laisse supposer qu’il y aura de plus en plus de précipitations et que, en conséquence, la contamination des ressources par Cryptosporidium continuera à augmenter.
Ref : Biologistes info Juillet 2025