Les interactions hôte-microbiote ont un impact sur de multiples processus physiologiques et sur une grande variété de maladies multifactorielles. Au cours de la dernière décennie, il a de plus en plus été envisagé que la flore colique puisse influencer le développement, la progression, la formation de métastases ainsi que la réponse au traitement de plusieurs types de cancer, dont le cancer colorectal (CCR). Les études épidémiologiques ont largement démontré le rôle néfaste d’une alimentation occidentale riche en viandes rouges, en aliments transformés et graines raffinées, pauvre en fruits et légumes, lait et calcium, associée à la sédentarité et au tabagisme. Elle expliquerait l’incidence croissante de tumeurs recto-coliques chez l’adulte de moins de 50 ans ayant un IMC élevé. 
L'une de ces espèces bactériennes présente dans le microbiote colique est Escherichia coli portant l'îlot polykétide synthase (pks) qui code les enzymes pour la biosynthèse de la colibactine à l’origine de mutations somatiques dans les cellules humaines. On ne sait toujours pas quels facteurs environnementaux, par exemple, la nourriture, le mode de vie et les médicaments, contribuent directement à l'augmentation de E coli pks+ chez les individus.
Les auteurs d'une étude récente ont émis l'hypothèse que l'association entre une alimentation de type occidental (riche en viande rouge et transformée) et l'incidence du cancer colorectal pourrait être plus forte en cas de microbiote contenant des quantités plus élevées d’E coli pks+.
Un score reflétant le régime alimentaire occidental a été calculé à partir des données issues d’un questionnaire alimentaire, obtenues tous les quatre ans pendant le suivi de 134 775 participants à deux études de cohorte prospectives américaines. Une PCR quantitative, a permis de mesurer l'ADN de E coli pks+ dans 1 175 tumeurs parmi 3 200 cas incidents de CCR survenus au cours du suivi.
L'association entre le score de l'alimentation occidentale et l'incidence du CCR était effectivement plus forte pour les tumeurs contenant des niveaux plus élevés d’E coli pks+. Les rapports de risque ajustés entre scores de régime occidental dans le tertile le plus élevé par rapport aux scores du tertile le plus bas étaient de 3,45 pour les tumeurs à forte teneur en E. coli pks+, de 1,22 pour les tumeurs à faible teneur E coli pks+ et 1,10 pour les tumeurs E coli-pks négatives.
Le niveau d’E coli pks+ était associé à un stade plus favorable de la maladie cancéreuse, mais pas à la localisation de la tumeur, à l'instabilité des microsatellites ou aux mutations BRAF, KRAS ou PIK3CA.
Les auteurs de cette large étude américaine montrent donc que le régime alimentaire de type occidental est associé à une incidence plus élevée de CCR contenant une abondance d’E coli pks+. Ces nouvelles données peuvent guider les efforts consacrés au développement de stratégies de prévention du CCR portant sur la modification de l'alimentation et le microbiote.
Cette étude mérite néanmoins d'être confirmée et complétée au regard de certaines données. Si la fréquence de l'importance flore d'E. coli pks+ est plus grande en cas de CCR, il faut noter que 63 % des patients atteints de CCR étaient E coli pks négatifs ou indétectables. En outre, aucune autre souche bactérienne (par ex Fusobacterium nucleatum, Aspergillus rambellii et le mycobiote entérique) associée au CCR n'a été examinée au cours de cet important travail novateur.
Les conséquences directes du microbiote sur la biologie du cancer commencent seulement à être dévoilées : une meilleure compréhension moléculaire de ses interactions avec le CCR et les impacts sur le traitement du cancer revêtent une importance scientifique majeure et une pertinence thérapeutique. En plus de la prévention primaire consistant à diminuer l'importance de la viande rouge et des aliments transformés dans l'alimentation, la question de la transplantation de microbiote fécal comme traitement secondaire pourrait être envisagée (comme cela l'a récemment été dans le traitement du mélanome).
D’autres études sont donc attendues pour affiner ces premiers résultats encourageants concernant la modulation de la cancérogénèse colique par le microbiote fécal.
Ref : Arima K, Zhong R, Ugai T et coll. : Western-style Diet, pks Island-Carrying Escherichia coli, and Colorectal Cancer: Analyses from Two Large Prospective Cohort Studies. Gastroenterology :June 24, 2022DOI:https://doi.org/10.1053/j.gastro.2022.06.054

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