En pleine épidémie Covid 19, la question de l'optimisation du dépistage puis de la recherche pour affirmer la guérison se pose de façon urgente. Du fait du manque de recul, les principales données proviennent de Chine d'où provient une étude récente qui permet de se faire une idée de la présence du SARS-CoV2 dans les différents compartiments ou fluides de l’organisme. Elle a inclus 205 patients (âge moyen 44 ans ; extrêmes, 5-67 ans ; hommes : 68 %) atteints du Covid-19 admis dans trois hôpitaux chinois entre 1er janvier et le 17 février 2020. Dans la plupart des cas, des prélèvements pharyngés ont été effectués entre le 1er et le 3ème jour après l’admission. D’autres prélèvements ont porté sur le sang, l’expectoration, les selles et les urines tout au long de l’évolution de la maladie. Une fibroscopie avec lavage broncho-alvéolaire (+/-biopsie) n’a concerné que les patients atteints d’une pneumonie sévère ou encore ceux mis sous ventilation assistée (soit 19 % de la cohorte). Au total, 1 070 échantillons biologiques ont été soumis à une recherche de l’ARN viral par RT-PCR. La positivité de cette dernière a varié selon l’origine du prélèvement. Elle s’est avérée maximale dans le liquide de lavage broncho-alvéolaire (14/15 ; 93 % mais rarement effectué (environ 7 % des cas), puis, dans l’ordre, dans :
(1) l’expectoration (72/104 ; 72 %) ;
(2) les écouvillonnages nasaux (5/8 ; 63 %) ;
(3) la biopsie bronchique (6/13 ; 46 %) ;
(4) les prélèvements pharyngés (126/398 ; 32 %) ;
(5) les fèces (44/153 ; 29 %) ;
(6) le sang (3/307 ; 1 %).

Aucun échantillon urinaire ne s’est avéré positif.
Les principaux enseignements sont que les selles peuvent être fréquemment contaminées, avec parfois une charge virale importante. Même si les voies aériennes et manuportées par contact avec des surfaces souillées restent prédominantes, une transmission fécale ne peut être exclue et doit inciter à renforcer les mesures d'hygiène, en particulier dans les zones déjà à risque.
Par ailleurs, le fait qu'on retrouve des résultats négatifs par RT-PCR chez un tiers des patients diagnostiqués doit probablement inciter à utiliser des méthodes complémentaires telles que la sérologie tant que la sensibilité ne sera pas améliorée. 
Ref : Wang W et coll. : Research letter. Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens. JAMA 2020 : publication avancée en ligne le 11 mars. doi:10.1001/jama.2020.3786.